Повествование сосредотачивается на отважных действиях организации «Монарх», занимающейся изучением и контролем неизвестных науке существ, в частности, гигантских монстров. В данной ситуации, Годзилла сталкивается с противостоянием в лице Родана и Кинг Гидоры, трехголового кайдзю, представляющего собой крайне опасного противника. Когда эти древние сверххищники, превратившиеся в легенды, возвращаются, чтобы вступить в борьбу за доминирование, человеческая цивилизация вынуждена отступить и предпринять меры для обеспечения собственного выживания. Присутствие этих чудовищ представляет собой серьезную угрозу для всего живого.